Les instances de Gouvernance de la CMR revêtent un rôle important dans la définition des orientations stratégiques de la CMR en matière de gestion administrative et financière, de contrôle et de supervision. Ces instances sont le Conseil d’Administration (CA) et les comités issus de ce conseil : le Comité Permanent de Gouvernance et de Suivi (CPGS), le Comité d’Allocation d’Actifs (CAA) et le Comité de Pilotage Actuariel (CPA), le Comité d’Audit (CA) et le Comité des Risques (CR).

Par ailleurs, la Caisse Marocaine des Retraites est sous la tutelle du Ministère de l'Economie et des Finances (contrôle financier de l’État, exercé par le Ministre chargé de l’Economie et des Finances, le Contrôleur d’État et le Trésorier Payeur).L’institution est gérée par un Directeur qui exécute les décisions du CA de la Caisse. 

Le Directeur est assisté par un Secrétaire Général nommé conformément à la réglementation en vigueur.