تتميز أجهزة حكامة الصندوق المغربي للتقاعد بالتنوع وتلعب دورا فعالا في تحديد استراتيجية الصندوق على مستوى التسيير الإداري والتدبير المالي والمراقبة والإشراف ويوجد على رأس الحكامة مجلس إداري إضافة إلى لجان أخرى وهي اللجنة الدائمة للحكامة والتتبع، لجنة تحصيص الأصول، لجنة التوجيه الإكتواري، لجنة التدقيق ولجنة المخاطر.

يدير الصندوق المغربي للتقاعد مجلس إدارة ذو تركيبة ثلاثية: الهيئات المشغلة والمنخرطون والمتقاعدون. يجتمع مجلس الإدارة بصفة منتظمة مرتين في السنة تحت رئاسة السيد رئيس الحكومة أو ممثله.تمارس الوصاية من طرف الأجهزة المختصة التابعة لوزارة الاقتصاد والمالية (مديرية المنشآت العامة والخوصصة ومديرية التأمينات والاحتياط الاجتماعي).يدير شؤون المؤسسة مدير يتم تعيينه طبقا للقوانين الجاري بها العمل والذي يتولى تنفيذ قرارات مجلس إدارة الصندوق. ويساعد المدير كاتب عام يعين وفق النصوص التنظيمية الجاري بها العمل.